白菜基因序列

白菜的基因序列信息如下:

白菜基因组大小和结构

白菜基因组大小约为485 Mb,包含约42000个基因。

白菜基因组存在3个类似但基因密度明显不同的亚基因组。

白菜参考基因组

白菜参考基因组(如Chiifu v1.5、v2.5和v3.0)为白菜类作物的基因组研究和遗传改良奠定了基础。

Chiifu v4.0是Chiifu v3.0的更新版本,利用ONT和Hi-C等测序技术获得,包含424.59 Mb序列和12条contigs,Contig N50值为38.26 Mb,完成了8条染色体的完整组装,仅有2条染色体仍存在一个缺口。

白菜基因组的进化特征

白菜与拟南芥在大约1300万年~1700万年前发生了分化,两者依然维持着良好的基因之间的线性对应关系。

白菜着丝粒区域经历着快速进化,着丝粒区域长末端重复序列的平均插入时间为14万年。

特定基因的研究

PHK4基因:克隆出大白菜PHK4基因的3′端cDNA序列,编码区序列546bp,编码181个氨基酸,与拟南芥AHK4基因具有较高的同源性。